马六甲孔教会据说在战前已经成立，当时称为联邦圣教会，成立日与初期领导的资料已难于找寻，可追溯的会所是在马六甲板底街桥头的云林阁。战时便停止活动，后由廖新兴，杨紫沉，葛馥生等君，租下做为联邦圣教总会会所。并在1950年产生首届委员会，由吴仲坦为首任会长。

    当时会务活动相當频密，皆以民间风俗为主，比较浓厚的宗教仪式，供民间礼拜孔子，会内也举办打坐活动，在农历月中之节办法会，大成节（孔年圣诞）举行祭孔。

    在1953还出版了第一本纪念特刊。 后来因环境的变迁再加廖新兴与杨紫沉等君皆上了年纪，之后逐出现後续无人现象，造成会务日渐衰微。

    至1972年，由沈慕羽接任主席（任职至今）。沈君接任后，取消祭拜的方式，改为提倡學術性的儒家思想活勁。 在1974年9月29日举办孔子圣诞2525周年纪念。

    在1977年由中华民国侨务委员会赠送孔圣塑像及五千余册，并于10月9日举行孔像及图书馆揭幕典礼。

    1983该会副主席林源瑞创立“书法班”。同年9月25日开课“孔教会书法研习班”。并在1989年7月24日，1991年1月26日举办大型书法观赏会。 马六甲孔教会历年来，經常有举办孔子圣诞纪念会。近年来的纪念会包括请一些学人做主题演讲会。

    2001年6月20日成立社团注册委员会，起草章程，2002年7月9日获得批准，定名“马六甲孔教会”（Pertubuhan Confucius Melaka）。在2001年搬入甘光拉班华丽园。

    2004年8月1日马六甲孔教会举行了自己会所的动土兴建仪式。新址于Jalan Portugis,75300, Melaka，

    2005年9月26日举行开幕典礼。会所中2.5公尺重500Kg孔像是由中国山东省政府所赠送。