复旦大学孔子研究所,于1998年成立,是由复旦大学哲学系自筹资金、不占编制的学术研究团体。该所自成立以来，主要开展了以下工作：（1）主办了两次小型的学术研讨会，一次是2000年8月，与台湾的“人文展望学会”合作举办了“谭嗣同的仁学与新世纪之人文思维学术研讨会”；一次是2000年11月，与日本九州大学合作举办了“纪念朱舜水诞辰400周年学术研讨会”。地点均在复旦大学。（2）赞助并合办了两次儒学研讨会，一次是1998年12月在上海大学举行的“儒学与21世纪学术研讨会”；一次是2000年10月在江西铅山县举行的“纪念朱子诞辰870周年国际学术讨论会”。（3）编辑出版了一部论文集《孔子思想研究》

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