从郑成功收复台湾起到清政府统治台湾期间，凡是设有府治或县治的地方都建造了孔庙。

    台南孔庙是历史最久、最出名的孔庙，建于明永历二十年（1666），是郑成功收复台湾后在台湾建立的第一所高等学府。它的建立标志着儒学正式进入台湾，成为台湾教育发展史上一个重要的里程碑，揭开了台湾教育发展史的崭新一页，中华传统文化及教育从此在台湾岛上传播开来。

    孔庙内设立太学，培养出一批批在岛内颇有影响的儒学人才。随着清政府对台湾管理的加强，历任的巡台长官都亲自兼任台湾的学政，凡设立的府县大都在孔庙设立府县儒学，孔庙成了儒教的主要活动场所。

    台南孔庙建筑庄严雄伟，主建筑大成殿供奉孔子灵牌，正上方悬挂着数块历代皇帝题写的横匾。殿内只有神位，没有神像。后殿崇圣殿供奉着孔子上下五代的神位。9月28日是孔子诞辰日，每年的这一天，台南市政府都在孔庙举行祭奠孔子活动，各类人近万参加这一活动，堪称当地最大的盛事。

　　台北孔庙是在台湾排名第二的孔庙。台北孔庙始建于明末永历十九年（1665），为郑成功的参军陈永华倡建，后被日本侵略者毁坏。1925年，台湾人民重建孔庙，1939年竣工。因此台北原孔庙虽比台南孔庙早建一年，但现孔庙却比台南孔庙晚建273年。

    重建的台北孔庙恢复到原来孔庙的壮丽面貌，被誉为“正统南中国式的孔庙”。每年9月28日，同样由台北市政府主持在此举行祭孔大典，仪礼均按古制，参祭者穿古服，献供品，舞八佾，奏大雅之乐，整个场面肃穆、庄严、隆重。

　　彰化孔庙始建于雍正四年（1726），历经扩建，庙貌辉煌。加上1885年台湾正式建省，当时的省府就设在彰化，所以，彰化孔庙曾一度成为台湾儒学活动的中心。可惜这个孔庙在第二次世界大战中毁于战火。现在的孔庙是1972年台湾人民在旧址重建的，它比原庙规模更大，更为庄严。

　　文武庙在台湾著名风景区日月潭北岸，建成于1938年6月。庙随坡就势，分为三进，第一进供奉孔子，第二进祭祀武圣关公并加祀岳飞、神农大帝、文昌帝君等，第三进可俯瞰全潭景色。庙前牌坊为四柱三门三重檐歇山建筑，黄琉璃瓦覆盖，在夜晚灯光的映照下金碧辉煌。文武庙第一进至圣师殿，是全台湾唯一开大门的孔庙，殿内供奉着孔子年轻时的塑像。